Keberadaan GKJW tidak bisa dilepaskan dari pengaruh dua tokohnya, yaitu Johanes Emde dan C.L.Coolen. Kedua tokoh ini tidak memiliki latar belakang khusus teologi. Jadi keduanya adalah orang kristen awam yang tergerak untuk memberitakan injil Kristus kepada orang-orang yang dijumpainya. Disamping itu kedua orang ini sepertinya mewakili dua corak pandangan teologis tentang iman kristen.
C.L Coolen begitu besar perhatiannya pada masalah-masalah budaya setempat, sedangkan Johanes Emde amat menentang budaya atau tradisi setempat. Sehingga pada akhirnya kedua corak teologi yang ditebarkan oleh kedua orang tersebut sedikit banyak mewarnai teologi GKJW. Emde mengatakan bahwa menjadi orang kristen berarti melepas sarung atau kain kebaya, dalam arti harus mengikuti pola budaya barat (Belanda),